La zece ani de la Bătălia Ceremonială, un adolescent pe nume Jaden Yuki pleacă pentru a se alătura Academiei de Duel Yousei, situată pe o insulă îndepărtată de pe coasta Japoniei. Acolo își întâlnește colegii și își câștigă câțiva prieteni, alături de câțiva dușmani. Jaden este pus la cel mai de jos rang, Slifer Red, dar el continuă să-și testeze abilitățile împotriva studenților și a profesorilor pentru a-și dovedi valoarea ca Duelist Yousei și pentru a câștiga respectul tuturor din jurul lui.

Seria urmărește isprăvile tinerei vrăjitoare Lina Inverse, a cărei viață se învârte în jurul mâncării, comorilor și luptei.