La 3 ani după ce Naruto a plecat cu Jiraya să se antreneze, el se întoarce în Konoha, pentru a se reuni cu Sakura și Kakashi, membri ai Echipei 7, din care face parte și Naruto. Pe parcursul seriei, Echipei 7 i s-au mai alăturat doi membri, Sai, un băiat ce provine dintr-o organizație obscură a satului, și Yamato, singurul ninja ce poate folosi abilitățile unice ale Primului Hokage. Ei încearcă să îl aducă înapoi în sat pe Sasuke Uchiha, care a plecat la sfârșitul primei serii pentru a se alătura lui Orochimaru, un ninja criminal ce îi promisese mai multă putere. De asemenea protagoniștii se vor confrunta și cu Akatsuki, o bandă de ninja răufăcători ce vor să captureze toate bestiile mistice, Bijuu, din interiorul gazdelelor lor numite Jinchūriki, printre care se află și Naruto ce posedă Vulpea cu Nouă Cozi, cea mai temută dintre creaturi.

După ce în urma unui atac al demonilor, familia lui este ucisă, iar sora lui este blestemată, Tanjiro pornește într-o călătorie periculoasă pentru a găsi un leac și a-i răzbuna pe cei pe care i-a pierdut.

Răscolind spațiul în căutare de recompense, o echipă dubioasă (un fost asasin, un fost polițist, o impostoare, o tânără hackeriță și un câine) o duce din leafă în leafă.

Kenzo Tenma este un renumit medic japonez care se găseşte în Germania secolului XX. Viaţa acestuia pare a fi perfectă. Cariera în plină ascensiune, o logodnică superbă, un viitor strălucit. Ce ar putea să umbrească fericirea acestuia? Principiile, respectul de sine, corectitudinea. Împins de simţul ordinii, Tenma decide să opereze altfel decât s-ar fi cuvenit în societatea în care trăia şi astfel intră în impas. Şi când pacientul său se dovedeşte a fi necazul său cel mare, lucrurile se complică de la sine. O continuă căutare a identităţii răului ascuns şi a răului ce zace în propriul sine.

Bon intervine accidental într-un caz al Patrulei Timpului și trebuie să se alăture agentei Ream ca să salveze vieți nevinovate din trecut, fiind martor la istorie.