La zece ani de la Bătălia Ceremonială, un adolescent pe nume Jaden Yuki pleacă pentru a se alătura Academiei de Duel Yousei, situată pe o insulă îndepărtată de pe coasta Japoniei. Acolo își întâlnește colegii și își câștigă câțiva prieteni, alături de câțiva dușmani. Jaden este pus la cel mai de jos rang, Slifer Red, dar el continuă să-și testeze abilitățile împotriva studenților și a profesorilor pentru a-și dovedi valoarea ca Duelist Yousei și pentru a câștiga respectul tuturor din jurul lui.

Când Otonashi se trezeşte află că de fapt a murit. O fată pe nume Yuri, având o armă imensă în mână îi explică că aceasta este viaţa de apoi. În acel moment Otonashi realizează că singurul lucru pe care şi-l poate aminti este doar numele lui. Yuri este cea care conduce "frontul vieţii de apoi" care poartă un război împotriva unicului lor duşman, Îngerul. Otonashi decide să se alăture frontului şi să participe la acest război cu planul de a câştiga timp până când îşi va recupera amintirile.