În timpul unei excursii cu clasa, în cadrul căreia lui Peter și colegilor lui li se face o demonstrație științifică despre păianjeni, Peter este mușcat de un păianjen modificat genetic. Curând după aceea, el descoperă că și-a însușit puterea și agilitatea păianjenului precum și un simț foarte dezvoltat specific acestei arahnide

Au trecut doi ani de când manieratul Peter Parker a părăsit-o pe iubita lui, Mary Jane Watson, și s-a hotărât să pornească pe calea responsabilității ca Omul Păianjen. Peter trebuie să se confrunte cu noi provocări pe măsură ce încearcă să facă față „darului și blestemului” puterilor sale, echilibrând dubla sa identitate ca super-eroul evaziv, Omul-Păianjen, și viața de student. Cele mai dragi relații ale lui Peter sunt acum în pericol de a fi distruse din cauza confruntării cu puternicul personaj negativ multitentacular, Doctorul Caracatiță (eng: Octopus), cunoscut și ca „Doc Ock”.

Peter a reușit în sfârșit să-și împace puterile de supererou cu dragostea pentru Mary-Jane. Dar viitorul este întunecat. Brutala mutație a costumului său, care devine negru, îi schimbă puterile și personalitatea pentru a scoate la iveală o dorință de răzbunare pe care Peter se chinuie s-o controleze. Sub influența costumului, Peter devine prea sigur pe el și începe să-și neglijeze apropiații. Va reuși el să-și învingă propriii demoni ca și pe doi dintre cei mai redutabili villain-i din istoria benzilor desenate? Aceștia sunt Omul de nisip și Venom, dar Sam Raimi, regizorul seriei Spider-Man, a făcut aluzii la un moment dat că s-ar putea să mai existe un personaj negativ, deci trei răi pentru Spider-Man 3.

Povestea se invarte in jurul unui concurs intre cei mai iuti de mana pistolari din Vestul Salbatic la care isi anunta prezenta, Ellen (Sharon Stone), o tipa misterioasa si atragatoare, smecherasul The Kid (Di Caprio), pacifistul Cort (Russel Crowe) si Herod, infamul primar al oraselului Redemption, locul unde se desfasoara sangeroasa competitie.