Când Liga Justiției dispare și răufăcătorii invadează Metropolis, există o singură echipă care poate rezolva acest mister: Scooby-Doo și gașca! Dar stați, există un câine nou în oraș – Krypto – Superman’s Superdog cu Super Puteri. Mystery Inc. va avea nevoie de tot ajutorul pe care îl poate primi atunci când fantomele amenință cartierul general al Ligii Justiției.