Odată cu descoperirea orașului antic Atlantida în Galaxia Pegasus de către Comandamentul Porții Stelare, Dr. Elizabeth Weir și maiorul Sheppard conduc o expediție științifică către orașul antic abandonat. Odată ajunsă acolo, echipa nu numai că se află în imposibilitatea de a lua legătura cu Pământul, dar explorările lor au trezit în mod neașteptat dușmanii de moarte ai Anticilor, Wraith, care doresc cu disperare o nouă pradă. Acum, cu ajutorul noilor aliați locali descoperiți, cum ar fi Teyla Emmagan, echipa din Atlantida se pregătește să descopere secretele noii lor case, chiar dacă începe războiul lor de supraviețuire împotriva lui Wraith.