Michelangelo, Donatello, Leonardo și Raphael se întorc pentru a se lupta cu inamici și mai puternici și mai diabolici alături de April O’Neil și Vern Fenwick, dar și de un nou aliat: justițiarul cu mască de hochei, Casey Jones. După ce super-ticălosul Shredder scapă din arest, își unește forțele cu cercetătorul nebun Baxter Stockman și cu două „gorile” cu minte puțină, Bebop și Rocksteady, pentru a pune în mișcare un plan diabolic de dominație mondială. Dar Țestoasele se trezesc față în față cu infamul Krang, o amenințare și mai mare decât Shredder, cu un plan și mai periculos.

Chinuit acasă și la școală, un băiat surd adăpostește un necunoscut într-o fermă abandonată și află curând că acesta este un evadat căutat de poliție.