La un an după evenimentele din seria originala, Jeremie Belpois, Odd Della Robbia, Ulrich Stern, Yumi Ishiyama și Aelita Schaeffer se întorc la viața lor de zi cu zi și rutine din Academia Kadic. Cu toate acestea, dușmanul lor virtual vechi, XANA, reapare și s-a renăscut cu mai multă putere decât oricând înainte. Cele șase Războinici pe Lyoko își reiau vechile lor vieți duble pentru a proteja omenirea de XANA încă o dată. Și li s-a alăturat William Dunbar, care a fost în cele din urmă acceptat ca al șaselea Războinic pe Lyoko, și o fată la fel de inteligentă ca Jeremie (sau mai mult) pe nume Laura Gauthier, cele șapte eroi trebuie să facă față sistemului multi-agent artificial autonom care amenință lumea încă o dată.