Touma, un tânăr cu puteri supranaturale, se aliază cu Index, o călugăriță, pentru a lupta contra forțelor răului care caută textele magice implantate în mintea acesteia.

Mikoto își folosește abilitatea de a controla electricitatea pentru a menține ordinea în orașul Academia, unde majoritatea locuitorilor sunt studenți cu puteri mistice.

Când Otonashi se trezeşte află că de fapt a murit. O fată pe nume Yuri, având o armă imensă în mână îi explică că aceasta este viaţa de apoi. În acel moment Otonashi realizează că singurul lucru pe care şi-l poate aminti este doar numele lui. Yuri este cea care conduce "frontul vieţii de apoi" care poartă un război împotriva unicului lor duşman, Îngerul. Otonashi decide să se alăture frontului şi să participe la acest război cu planul de a câştiga timp până când îşi va recupera amintirile.