Merlin este un personaj legendar al povestirilor arturiene, simbolul unei lumi anacronice, care mai târziu avea să se stingă pentru a face loc unei lumi moderne și raționale. Dar înainte ca știința să evolueze și să ia locul magiei și misticului, a existat un tânăr vrăjitor pe nume Merlin. Serialul prezintă povestea acestui vrăjitor în orașul mitic al Camelotului, când Merlin era la vârsta fragedă de 12 ani. Chiar și la această vârstă el este destul de puternic, descoperind pentru prima dată că se poate folosi de puterea sa supranaturala pentru a-i salva pe toți cei care se află în primejdie, inclusiv pe viitorul rege al Marii Britanii. Înainte ca Merlin și Arthur să fi fost eroi ai Camelotului, ei au fost tineri care au cunoscut personaje legendare și fantastice, dornici de a trăi aventura, suportând în același timp toate consecințele greșelilor comise.

În 1899, întâmplări misterioase schimbă cursul unui vas cu imigranți cu destinația New York, iar pasagerii săi derutați sunt înghițiți în labirintul enigmelor.