Boruto îl are ca protagonist principal pe fiul lui Naruto. Acesta spune din start că își dorește o poveste diferită de cea a tatălui său, astfel creând premisele unei noi aventuri pentru noua generație de copii ai satului Frunzei.

Orfan de mic, un jucător profesionist de shogi în vârstă de 17 ani începe să iasă din carapace după ce trei surori îl iau sub aripa lor.

Anul în care acțiunea se petrece este 2022, când gamerii erau aliniați în așteptarea lansării noului joc "Sword Art Online", un MMORPG evoluat, care le permitea jucătorilor să intre în captivanta realitate virtuală prin căștile speciale numite Nerve Gear. Kirito este unul dintre acești gameri, care este gata să pornească în acțiune, petrecându-și foarte mult timp în testele beta ale jocului, și devenind rapid prieten bun cu războinicul începător Klein... Dar în curând, cei 10.000 de jucători din Sword Art Online descoperă că nu sunt capabili să iasă din joc, și că singura cale de a se reîntoarce în lumea reală și înapoi la corpurile lor, este să bată boss-ul final din turnul de nivel 100 - mort în joc însemnând mort și în lumea reală. Acum, cu nimeni altcineva care să îi conducă, Kirito și ceilalți participanți trebuie să supraviețuiască.